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また、北京五輪日本代表に選ばれた豊田陽平や、加入後にストライカーとして才能を開花させた長谷川を中心とした若手選手の活躍により、仙台とのみちのくダービーでは9年振りに勝ち越すなど、シーズン中盤からはJ1自動昇格圏内の2位をキープし、11月30日第44節の愛媛戦（右図）で勝利を収めて2位が確定。 その後も浮上すること無く、第45節愛媛戦に敗れたことでJ1昇格の可能性が消滅。 リーグ戦については、第8節まで勝利することが出来ず最下位に沈んだ為、試合後に不満を抱えた一部の山形サポーターが監督の樋口や、専務理事兼ゼネラルマネージャーの金村勲（当時）に対して引責辞任を求める座り込みの抗議行動まで起こったが、第9節徳島戦で初勝利を挙げた後、第15節から4連勝、第25節から3連勝を達成した結果、順位が6位まで浮上した。更に、石川竜也、宮本卓也がレンタル移籍から完全移籍に移行した。
2トップの一角としてJ1昇格に貢献した豊田陽平が京都に、本橋卓巳が栃木SCに、高橋駿太が関東1部の日立栃木UVAに、内藤友康が東北1部の福島ユナイテッドFCに、昨シーズンまで甲府にレンタル移籍していた桜井繁が仙台に完全移籍し、リチェーリ、馬場憂太が退団した。 その他では、ブラジル2部のアヴァイFCからチッコ をレンタル移籍で獲得したが、シーズン途中で退団している。 ビョンスクを完全移籍で、川崎Fから植草裕樹、柏から小林亮をレンタル移籍で獲得。 シーズン途中には、柏から清水健太を、大分から小森田友明をレンタル移籍で獲得し、山形大の塩沢勝吾を特別指定選手として追加登録した。補強面では、名古屋から北京五輪代表を目指すべく出場機会を求めていた豊田陽平を、鹿島から1999年FIFAワールドユース選手権の準優勝メンバーだった石川竜也をレンタル移籍で獲得。
更に、横浜FCから北村知隆を、京都から1999年〜2003年まで山形に在籍していた鷲田雅一を、FC東京から遠藤大志を完全移籍で、浦和から横山拓也をレンタル移籍で獲得した。昨シーズンに23得点を挙げるなど活躍したレアンドロが神戸に完全移籍した。 このシーズンは、レアンドロが得点を量産し活躍。補強面では、仙台の看板選手として活躍した財前宣之を、福岡から木藤健太を、川崎Fから渡辺匠、木村誠を、鳥栖から氏原良二、高林佑樹を完全移籍で獲得。 また、永井篤志が仙台に、内山俊彦が神戸に、原竜太が湘南に、氏原良二が草津に、高林佑樹がJFLのTDK SCに、阿部祐大朗が北信越1部のフェルヴォローザ石川・
